フィルタを使って、とあるカテゴリーにデータをフィルタしたが、指定していないカテゴリーや、表示されるべきでない別の列のカテゴリーがチャートに表示されてしまう。

こちらはチャートで可視化している対象の列が、順序付きのカテゴリーであるFactor型になっていることが原因であることが想定されます。

もし、値がないFactor型のカテゴリーを非表示にしたいのであれば、以下のリンクを参考に、データがないレベルは非表示に設定することが可能です。