estatapiを使ってデータをインポートする際にタイムアウトしてしまう場合は、取得先のデータの容量が大きいために取得できていない可能性が高いです。
そのため、以下のように一旦取得できているかを確認するためにlimitを使用してみてください。
estat_getStatsData(
appId = <アプリケーションID>,
statsDataId = <統計データのID>,
limit = <取得する行数>
)
もしそれで取得できていて、一部のカテゴリーは不要な場合は、cdCat01 = c(<カテゴリーコード1, カテゴリーコード2>)のようにカテゴリーを絞り込むと取得されるデータを軽量化できるはずです。
estat_getStatsData(
appId = <アプリケーションID>,
statsDataId = <統計データのID>,
cdCat01 = c(<カテゴリーコード1, カテゴリーコード2>)
)
参考: