チャートのY軸で「TRUEの割合」を選んだ場合、NA(欠損値)も含めたすべての行に対するTRUEの割合として計算されます。
例えば、以下のケースでは10行ありTRUEは5件となっています。NA(欠損値)は2件となります。

この場合、Y軸の方でTRUEの割合とすると50%(5/10)となります。そのため、NAを除いていないすべての行に対するTRUEの割合で計算されています。

もしNAを除いた上でのTRUEの割合を計算したい場合は、チャートフィルタで該当のロジカル列に対して「欠損値を除く」を設定してください。

これにより、上記の例ではTRUEの割合が62.5%(5/8)となります。
