Prophetで外部予測変数を使用したモデルをつくった場合は、将来の予測をするには、その将来の期間の外部予測変数の値が必要となります。将来の期間の外部予測変数がデータ中にない場合は、モデルは作成されますが、予測はされません。
将来の予測をしたい場合には、外部予測変数は、そもそも予測がしやすい値であるか、将来の予定が決まっているような値である必要があることになります。（予測に利用するのではなく過去のデータ間の関連性を見る目的であれば、もちろんそうでなくても問題はありません。）
外部予測変数も一緒に過去の値のみから予測して欲しいところなのですが、Prophetにそういった機能がないというのが現在の状況となります。そういった機能を加えようという動き（参考：この件のgithub issue）はあるようですがしばらく時間がかかりそうに見えます。
その他のProphetに関するFAQはこちらをご覧ください。