時系列クラスタリングの距離を計算する際のアルゴリズムはDTWを使用しているので、時間的なズレが考慮されています。(一つの地点と他の多数の地点の距離が計算される。)
DTWについては、こちらの記事で触れられています。
また、DTWの中でも「DTW with L2 Norm」というものを使用しており、L2 Norm (L2正則化)を使ってDTWの距離が計算されています。
DTW L2 Normについては、こちらをご参考ください。