ExploratoryのレポジトリをGoogle DriveやBoxなどのネットワークファイルシステムに置く場合には、プロジェクトが入っているprojectsディレクトリだけをアップロードし、レポジトリの他の部分はローカルに残すことをおすすめします。
これにより、Rパッケージなど実行に必要なファイルはローカルに置き、ローカルには保存したくないプロジェクトの情報などはGoogle DriveやBoxにて保存、管理することができます。この方法により、実行時の不必要なネットワークファイルシステムへのアクセスを避け、実行速度を快適に保つことができます。
詳しい方法については、こちらをご覧ください。