ロング型からワイド型にする時に、キーと値の列以外の列で、組み合わせが一意になっていないと1行が1観測対象（例: 回答者）になりません。
例えば、下記のデータの場合は、質問と回答以外の列は、グループ（従業員ID）ごとにみるとの列の値は同じになっています。
つまり、すべての列を組み合わせの一意な値が1つになっているということです。
この場合は、ロング型からワイド型に変換した時に、1行が1観測対象（例: 回答者）になっていることがわかります。
一方で、下記のデータの場合は、同じグループの中でも「row_num」といった列は別々の値になっており、すべての列を組み合わせの一意な値が7つになっています。
この状態でロングからワイド型にすると、下記のように1行が1従業員IDかつ、row_numの値ごとに行が作られてしまいます。
その結果、期待する1行1従業員にならずに、下記のように歯抜けができてしまいます。
そのため、ロング型からワイド型に変換する時には、キーと値以外の列は一意な値の組み合わせになっていることが前提となっています。
上記で紹介したような、row_numのような一意な値にすることができない列がある場合は、事前に除いてからロングからワイド型へを実行していただくとうまくいくかと思います。