サーバーパブリッシュされているプロジェクトを、Exploratoryデスクトップから最新のバージョンに更新した場合、プロジェクト内の全てのコンテンツは、サーバー上のプロジェクトの内容に上書きされることになります。
そのため、サーバーにパブリッシュされていない変更を、プロジェクト内に残し続けることには対応していません。
一方で、元のプロジェクトの内容を見たい場合、プロジェクトを過去のバージョンに復元いただくことが可能です。
復元の詳細は以下のリンクをご参考ください。
なお、手元のバージョンとは別にサーバー上のプロジェクトが更新されてしまったため、既存のプロジェクト内にあるデータフレームを活用して作成したコンテンツを最新のプロジェクトに統合したい場合は以下のリンクをご参考ください。